Египетскую экспедицию возглавлял Наполеон Бонапарт, а морскую флотилию возглавлял вице-адмирал Брюэс, но наступлением с моря на Каир командовал контр-адмирал Перрэ.
Жан Батист Эммануэль Перрэ был кадровым моряком из французского порта Сэн-Валери-сюр-Сомм и прибыл в 1798 году вместе с вице-адмиралом Брюэса к берегам Египта. Потом из нескольких кораблей и судов с 600 моряками была сформирована эскадра, которой доверили командовать контр-адмиралу Перрэ.
Основная часть войск высадилась на берег и двинулась вдоль него к устью Нила, где был захвачен охранный форт. Для охраны форта были оставлены два корабля, а остальные войска двинулись вверх по Нилу, а сухопутные войска двинулись за эскадрой по левому берегу Нила.
В 1797 году была сильная засуха, от которой колодцы высохли, а очередного паводка не было. Не смотря на тяжелое снабжение водой, 10 июля французские войска в первом же бою с мамлюками одержали победу. После армия отдыхала три дня в Рахмани, к этому времени подошли французские корабли, которые также одержали победы над флотом мамлюков. И сразу эскадра под руководством Перрэ продолжила подниматься по Нилу, чтобы поддержать сухопутную армию, оставив в Рахмани баркас с командой для охраны на Ниле.
Французская армия и флот выдвинулись ночью 13 июля, скороспешность заключалась в том, чтобы мамлюки не успели организовать оборону в городах выше по Нилу. У деревне Шубрахит мамлюки выставили свою флотилию на левом берегу Нила.
Сухопутная часть армии Наполеона не спеша приблизилась к деревне к 8 часов утра, потому что на Ниле стоял полный штиль и корабли стояли в ожидании ветра. К полудню появился ветер и эскадра Перрэ подплыла к месту предстоящего морского боя со флотом мамлюком, который превосходил французов. Морской бой начался не удачно для контр-адмирала Перрэ, был захвачен один корабль, остальные корабли попали под сильный пушечный обстрел.
Перрэ приказал отвести корабли, чтобы снизить обстрел с берега, занимаемый мамлюками.
В это время Наполеон с обошел артиллерию мамлюков и ударил им в тыл, быстро захватил позиции и с захваченных пушек начал обстреливать флот мамлюков. Турецкие моряки, как самые опытные моряки в войсках мамлюков, стали спасаться от проигрышного боя пытаясь уплыть на кораблях вверх по Нилу. В результате этого боя французская армия потеряла около 400 человек, большая часть из них были матросы.
Чтобы продолжить подъем вверх по Нилу флотилии Перрэ пришлось в очередной раз ждать ветра, который появился лишь утром 14 июля. Благодаря имеющимся судам в флотилии Перрэ, сухопутная часть армии Наполеона получала продовольствие с них и могла раненых солдат отправлять на суда для лечения, что позволяло армии быстро продвигаться.
Французская армия подошла к Каиру в ночь на 20 июля, где уже стояли войска мамлюков и огромный флот из 300 кораблей. Из-за мелководья на Ниле французский флот сильно отставал он сухопутных войск, а 15 июля корабли окончательно сели на мель. Тем не менее, Наполеон решил начать бой без флота, который оказался тяжелым на победоносным для армии Бонапарта Наполеона. О победе своей сухопутной части армии Перрэ узнал по плывущим в Ниле сотням трупов в турецкой форме.
Эскадра контр-адмирала Перрэ стояла на мели до августа, лишь 18 числа начался поводок который наполнил реку, и к концу августа приплыла к Каиру. Последующую осень 1798 года генерал Дезе при поддержки эскадры Перрэ захватили остальную часть Нила и весной 1799 года вышли к Красному морю.
Жан Батист Эммануэль Перрэ умер в 1800 году, во время боя ядром оторвало ногу, и он скончался в тот же вечер.